Az Emirates SkyCargo globálisan piacvezető a hőmérséklet-érzékeny gyógyszerek szállításában. A légitársaság 2016 szeptemberében adta át a gyógyszertárolásra kialakított, több mint 20,000 m²-en elterülő létesítményét a Dubaji Nemzetközi Repülőtéren, ahol naponta közel 200 tonna gyógyszert, oltást és biológiai anyagot tudnak raktározni és átrakodni.  

Az Emirates SkyCargo 2020 augusztusában átalakította hálózatát, hogy felkészüljön a COVID-19 elleni oltások szállítására. Ehhez bővítette hűtőkapacitását, lehetővé téve a speciális hűtést igénylő vakcinák biztonságos tárolását, átrakodását és szállítását a sivatagi forróságban is. 2020 októbere és 2021 szeptembere között az Emirates SkyCargo Dubajon keresztül, 75 desztinációra több mint 250 millió adag COVID-19 elleni oltást szállított.