Az ítélet Magyarország és az Európai Bizottság vitáját döntötte el. Magyarország 2008 decemberében nyújtotta be a bizottságnak az „M43 autópálya Szeged és Makó közötti szakasza”, illetve a „Budapest-Kelenföld – Székesfehérvár – Boba vasútvonal átépítése, I. szakasz, 1. ütem” című nagyprojektek támogatására vonatkozó kérelmeit. Ezekben a magyar hatóságok az általános forgalmi adót mint támogatható kiadást vették figyelembe, mivel álláspontjuk szerint a Nemzeti Infrastruktúra Fejlesztő Zrt. (NIF) sajátos helyzeténél fogva nem tudja továbbhárítani és visszaigényelni az általa megfizetett forgalmi adót, tehát annak terhét ténylegesen viseli. Márpedig az uniós szabályok szerint a nem megtérülő áfa viselésére nyújtható támogatás EU-s forrásokból.

Magyarországon a NIF autópálya-építési és vasútfejlesztési feladatokat is ellát. A cég 100 százalékos állami tulajdonban van, az elkészült autópályákat, illetve vasúti infrastrukturális vagyontárgyakat pedig ellenérték nélkül adja át a magyar államnak, amely aztán egyéb állami cégek bevonásával forgalmi adóval terhelt díjat szed az úthasználóktól, illetve számol fel a vasúti pályahálózat használatáért.

A vonatkozó uniós szabályok értelmében viszont az EU Kohéziós Alapjából támogatott projektekhez kapcsolódó, megtérülő áfa tekintetében nem igényelhető uniós támogatás.

Az Európai Bizottság szerint a forgalmi adó megfizetése az adót tartalmazó díjak formájában végső soron az autópályák, illetve a vasúti pályahálózat használóira hárul, így a beruházás fázisában felmerült forgalmi adóból eredő költségek igenis megtérülnek, függetlenül attól, hogy Magyarországon az autópályák, illetve a vasúti pályahálózat építtetője és üzemeltetője nem ugyanaz a cég. A Bizottság ezért úgy határozott, hogy az így felmerült áfa-viselésére nem nyújtható uniós támogatás.

Csütörtöki ítéletében a törvényszék a bizottság álláspontját fogadta el, miszerint az érintett beruházásokhoz kapcsolódó áfa a későbbi használói díjfizetésekből megtérül és ezért az uniós forrásokból nem támogatható kiadásnak minősül. A törvényszék szerint ugyanis Magyarország azon döntése, hogy az érintett nagyprojektekhez kapcsolódó bevételeket és kiadásokat több, a magyar állam ellenőrzése alatt álló közjogi szervezet, illetve projektfelelős között megosztják, nem változtatja meg a projektekhez kapcsolódó beruházásokkal összefüggő költségek, ideértve az ezek megvalósítása során megfizetett áfa támogathatóságának megítélését. A törvényszék határozata ellen annak közlésétől számított két hónapon belül lehet fellebbezést benyújtani az Európai Bírósághoz.